ろ過膜（分離膜）を使って水処理をする方法には、「全量ろ過方式」と「クロスフローろ過方式」の２種類があります。

一般的な浄水器は、原水をすべてろ過して浄水にする全量ろ過方式です。これに対して、ＲＯ浄水器はクロスフローろ過方式 といって、原水をろ過膜の表面に対し平行に流します。このため、生成される浄水の量は原水の量よりも少なくなりますが（浄水されなかった分の原水は排水されます）、ろ過膜の表面に蓄積される物質（不純物）が少なくなり、高いろ過性能を長く維持 することができます。ろ過流量が少なくなるという課題に対しては、浄水したＲＯ水を貯水して一定の流量を確保するなど、メーカー各社でさまざまな工夫をしています。